En 1562, fue fundado el pueblo de Yajalón por fray Pedro Lorenzo, trasladándolo de Ocot; en 1678, ya era parroquia; el 25 de diciembre de 1712, penetró al pueblo el capitán general de Guatemala en persecución de los sublevados tseltales; en 1823, Yajalón unió sus fuerzas al Plan Chiapa Libre; en 1943, se constituyó en cabecera de distrito judicial y hacendario; el 28 de septiembre de 1910, fue elevado a la categoría de villa por el gobernador Ramón Rabasa y el 3 de diciembre de 1963, al rango de ciudad y cabecera del distrito de Yajalón, por el gobernador Samuel León Brindis. Los primeros pobladores de Chiapas, según la leyenda llegaron hace miles de años eran mas de 20 mil familias dirigidas por Votan, personaje mítico que venia procedente de las antillas y que llegaron a Chiapas a través de la laguna de términos. Los antecedentes de nuestras actuales familias étnicas chiapanecas formaban parte de la monarquía establecida por votan por lo que al morir este la gente se divido en cuatro reinos. • Los Lacandones que ocupa al este del estado de Chiapas. • Los chiapanecos al sur de Chiapas • Los zoques al oeste • Los tseltales que ocupan parte norte y centro del estado. Es bien sabido, por datos arqueológicos, que los tseltales habitaron dicha zona desde principios del periodo clásico de la civilización maya. A la llegada de los españoles, el grupo Tzeltal se hallaba disperso por la región norte y noroeste del estado debido a estos el fraile dominico Pedro Lorenzo de la Nada, se da la tarea de evangelizar a dichos pueblos, gracias a lo cual nace población como mitón tic, sabanilla, Bachajón, Chilón, Ocosingo y Yajalón así como palenque posteriormente sin embargo siguieron llegado oleadas de grupos indígenas como los lacandones choles por lo que fue necesario establecer en otro sitio conocido como Ocot, que en náhuatl significa Ochote, se sabe también que algunos indígenas se asentaron en un lugar conocido como CHUL-HA, posteriormente se trasladaron a un nuevo lugar dos leguas mas abajo que se encontraba a orillas de un rió. El paisaje de Yajalón de aquellos años fue plasmado en pluma de personajes con el capitán Dupaix , quien en un exploración a Palenque Procedente de Ocosingo, Mencionaba que tuvieron que descansar un poco, en un lugar que los indios llamaban XULH-HA. Cabe mencionar que también JOHN L. STEPHENS Y DESIRE CHARNAY, quien procedente de Túmbala se dirigió a Yajalón allegar ahí observa algunas familias de mestizos que poseían casas de adobe y además que hablaban castellano. Las familias mestiza son el asentamiento humano formado por Fortino Vera, Mercedes Vázquez, Rosario y Vicente Constantino, Jesús Madavio, Margarita y Sabas González, Regino Mazariegos, Timoteo Pinto, David Trujillo, Carmen Sánchez, Justino Constantino, quienes llegaron procedentes de Sancristobal y Chilón para quedarse entre los abuelos de don Santiago Pérez, José López y Juan Damas, cuyas familias eran las mas representativas del grupo Tzeltal. Es así como en 1562 nace YASHALUM, hoy YAJALON, que en Tzeltal significa "TIERRA VEDE". Al descubrirse que el rió Tulija es navegable Yajalón se convierte en un paraje obligatorio entre ciudad real y san Fernando de Guadalupe.. En 1712 se inicio un movimiento entre tseltales de Cancuc, conocido como sublevación de los tseltales durante este movimiento en Yajalón los indígenas exasperados por la codicia del obispo Álvarez de Toledo se amotinan y tratan de matarlo igual que al sacerdote del pueblo. En 1789 Yajalón forma parte del partido de palenque con tila, túmbala, Petalcingo, Bachajón, Chilón y Sitala para 1814 este partido había crecido y se hallaba integrado por huixtan , cancuc, tenango, guaquitepec y Ocosingo en 1829 la división política decreta por el tercer congreso constituyente ubicada Yajalón como pueblo perteneciente al partido de Tila (departamento del norte) En1842 siendo prefecto Longino Espinoza los vecinos de Chilón invadieron tierras de Yajalón. Al finalizar el siglo XLX Yajalón se encuentra comprometido en el departamento de Chilón sin embargo los cambies se efectúan cuando el gobierno de Porfirio Díaz cede tierras nacionales a compañías extranjeras entonces es cuando comienza una nueva erapara Yajalón al establecer fincas cafetaleras como "THE GERMANY AMERICAN & COMPANY", en túmbala; "THE KOURTUM", en mumunil, sabanilla. En 1909 el párroco Caferino Izquierdo informa que en Yajalón hay un intento de sublevación contra las autoridades ladinas sin embargo en 1916 Yajalón se independiza de la protestad de Chilón y asciende al grado de municipio libre. Durante la época del pinedismo en Chiapas, Yajalón fue visitado varias veces por tropas Pinedistas y carrancistas. De 1929 a 1930 aproximadamente siguiendo la política tabasqueña de Thomas Garido Canaval , se realiza la persecución de católicos y en lo que se denomino como la "LA QUEMA DE SANTOS". Esto implico la ausencia de sacerdotes así como la celebración secreta de actos religiosos. En 1943, le corresponde a Yajalón ser cabecera distrital abarcando dentro de sus federaciones los municipios de Túmbala, Sitala, Chilón y Tila. El 8 de Noviembre de 1963,atreves del derecho numero 4 del congreso del estado de Chiapas Yajalón es ascendido al grado de ciudad siendo presidente municipal el Sr. Oscar Moscoso. A fines de ese mismo año los vecinos de Ocosingo, Chilón y otros pueblos mas, decidieron aportar un 25% mas de sus contribuciones ordinarias para construir la carretera de Ocosingo, Petalcingo y Tila, pasando por Bachajón, Chilón y Yajalón. Antes de este existía un camino de herradura por lo que transitaban las mulas con productos comerciales. En 1964 comienza a trazarse la carretera y en 1970 es inaugurada por el gobernador José Castillo Tielmans. Posteriormente vienen los extranjeros y con ellos el cultivo intensivo del caucho, caña de azúcar y café, la movilización de maquinaria, la apertura de caminos, la lluvia es pertinaz pero el trabajo se cumple y es organizado, se talan hectáreas de cancanes, cedros, caobas y en la creciente de los ríos se van estas maderas preciosas a salto de agua y en los barquitos traen tejas, laminas y herramientas. Mientras Europa se ensangrentaba con la primera guerra mundial, Yajalón se convierte en el refugio de alemanes, libaneses y turcos y es entonces cuando se funden idiomas y razas se escuchan comúnmente los apellidos de Kinski, Yutte, Marh, Morison, Kanter entre otros muchos y en el uso se castellanizaban nombre como Chember en vez de Rosemberg, Esteni por Stanfford, German por Herman o sucede también que es normal ponerle al recién nacido Astrid o Walter, así como pronunciar Bremen-Zubikusky o Hannover. Junto a este despertar del siglo llega como educador pionero Anastasio Villa Fuerte y luego Candelario Morales y mas tarde Consuelo Astidies.